У некоторых обследуемых по причине ограничения проникновения УЗ-лучей через костный барьер получаемые изображения не позволяют с уверенностью оценить структуры головного мозга. Так у 5—10% людей европеоидной расы невозможна оценка структур среднего мозга, а в 10-20% — базальных ганглиев; у людей азиатского происхождения акустическое окно отсутствует в 15—60% случаев.
Факторами, ассоциированными с отсутствием височных ультразвуковых окон, являются пожилой возраст и женский пол.
Качество получаемых изображений также напрямую зависит от класса УЗ-прибора: должен использоваться высокопрофессиональный прибор, позволяющий получать серошкальные изображения высокого разрешения.
Кроме того, методика проведения ультразвукового исследования и интерпретация результатов очень сильно зависят от квалификации специалиста, проводящего исследование.